347 zanglamaydigan po'lat kasalligi kimyoviy tarkibiy qismini, "HLAN-A" antigeni antignite-a (HLA-A) Chaperonning (XLA-a) Chaperonning (CLMS) yordamida aniqlash

Nature.com saytiga tashrif buyurganingiz uchun tashakkur.Siz cheklangan CSS-ni qo'llab-quvvatlaydigan brauzer versiyasidan foydalanmoqdasiz.Eng yaxshi tajriba uchun yangilangan brauzerdan foydalanishni tavsiya qilamiz (yoki Internet Explorer-da Moslik rejimini o'chirib qo'ying).Bundan tashqari, doimiy qo'llab-quvvatlashni ta'minlash uchun biz saytni uslublar va JavaScriptlarsiz ko'rsatamiz.
Har bir slaydda uchta maqolani ko'rsatadigan slayderlar.Slaydlar boʻylab harakatlanish uchun “Orqaga” va “Keyingi” tugmalaridan yoki har bir slayd boʻylab harakatlanish uchun oxiridagi slaydni boshqarish tugmalaridan foydalaning.

Mahsulot tavsifi

Zanglamaydigan po'latdan 347L rulonli quvurlar, po'lat darajasi: SS347L

Interferent signalizatsiya tizimi atrof-muhitning turli xil patogen va ichki patologik signallariga kuchli sitokine javobini keltirib chiqaradi, natijada o'zaro aralashuvlararo oqsillarning induktivatsiyasi paydo bo'ladi.Biz DSS-Metav-Link massasi massasi (CLMS) aralashmasi interferon-proteinli proteinli proteinlar domida yangi proteinli o'zaro ta'sirlarni aniqlash uchun qo'llaymiz.Kutilayotgan interferon-yodiqli oqsillardan tashqari, biz MX1, USP18, OAS3, OAS3 va Stat1 kabi roman va aralasharo xujumlar bilan bog'langan proteallarni aniqladik.Biz HLA, oqsillar (H2BFS-HLA-A-HMGA1) tomonidan (H2BFS-HMGA11) tomonidan ishlab chiqarilgan ichki aralashuv tarmoqlarini (H2BFS-HMGA1) shakllantirilgan "Interferon-A-HMGA1" tomonidan tashkil etilgan "HLA" protein tarmog'i "ning yoki ular eritik dinamikani modellashtirishdan foydalangan holda amalga oshirilayotganini rad etdik.Protein kompleksining modellashtirishning modellashtirish klits topilmalarida aniqlangan o'zaro ta'sirlarni aks ettirgan bir nechta o'zaro ta'sir joylarini aks ettirdi.Birgalikda biz aralashmalarga asoslangan yangi signallar bo'yicha yangi signallarni aniqlab, kxatsiklardan o'sma mikroenvironmentida yangi oqsil o'zaro ta'sirini aniqlash uchun klitalardan keng foydalanishni kutamiz.
Adaptiv immunitetning immunitetining paydo bo'lishidan oldin, mezbonlikning tug'ma mudofaa tizimi aralash alfa-hujayralar (IFNS) deb ataladigan alfa-hujayralar oilasi tomonidan mikroblarga qarshi kurashish moslamasi.I IFN sinflari ifna va ifn-klasslarni, shu jumladan antiviral, propopttotik, prodpolfamulyatsion va antiprozerativ holatlarni faollashtirishOdamlarda ifnodan 13 nafar subtion ma'lum, xromosoma 91-da to'plangan. Ajablanarlisi shundaki, klinik foydalanish uchun faqat rentinatsiyalangan.Yaqinda IFRIning boshqa subtetlarini o'rganishga alohida e'tibor qaratildi.Yaqinda o'tkazilgan tadqiqot shuni ko'rsatdiki, agar IFKI2 Subyte-ning kanonikasiga nisbatan HBV2 va OIV-13,4 replikentini cheklashda eng samarali istılıklardan biri ekanligini ko'rsatdi.
IFEMEsaton retseptorlari (IFPARAR1 va IFNAR2) Yanus Kinazes Tyk2 va Jak15,6 tomonidan tashiyotgan kaskad kaskadiyasi vositachiligini ishga tushirishi aniqlandi.Ushbu Yanus Kinazes fosformatate signal translyatori va tranzitorli protein faollari (stat1 va stsenariy aktionlar (Stat1 va Stat2) Sh2 domeni fotogaleristariatsiyasini boshlash uchun tirozin qoldiqlari bo'yicha tirozin qoldiqlari.Keyinchalik, IRFT bo'yicha IFN-statsionar omilning (ISGF3) simrija va 2000 dan ortig'i aralashmasi (ISGS) tomonidan taqsimotini (ISGS) simallashtirilishi uchun birlashtiradi.
ISGS tug'ma immunitet tizimining orqa miyalarini, ayniqsa virusli hujumga javoban.Virusli infektsiyani birinchi qatorida, hujayralar tezda hujayra oqsillarining keng ko'lamli biologik faoliyat bilan bog'liq keng tarqalgan.Ushbu oqsillar tarkibiga o'rnatilgan vositalarni, sigir ombullari, kompaktsiya omillari va to'g'ridan-to'g'ri antiviral funktsiyalari, shuningdek immunitet javoblarining manfiy tartibga soluvchilarning salbiy tartibga soluvchilari9.ISG faoliyatidagi ma'lumotlarning aksariyati ortiqcha kompres111111 yoki GREE SILAI texnik vositalaridan foydalangan holda, individual ISGlar ifodalanadi yoki inhibesi va ularning faoliyati turli viruslarda sinovdan o'tkaziladi.Ushbu tadqiqotlar individual IXGlarning antiviral xususiyatlarini aniqlagan bo'lsa-da, har bir ISGning asosiy molekulyar mexanizmlari juda noma'lum.To'liq faoliyatni ta'minlash uchun ko'plab oqsillar bir yoki bir nechta siteokinlar bilan o'zaro ta'sir qilishlari bilan bog'liq bo'lib, ular to'liq faoliyatni amalga oshirish uchun bir yoki bir nechta sitokinlar bilan o'zaro ta'sir qiladi yoki ularning o'zaro ta'siri uyali oqsillar bilan vositachilik qilishdir.Masalan, so'nggi fotikosinatsiyalangan proteomikani o'rganish VCP / P97 virusli zarrachalar bilan iFitm3-ning aylanishiga olib keladi.Immunopreditinatsiyadan foydalanib, biz Xolesterin vositachiligidagi virusli kamolotni davolagan IFITM1 / 2/3 bilan hamkorlik bo'yicha biz "Ifitm1/ / 3/3" bilan hamkorlik bo'yicha biz "Ifitm1 / 2/3" bilan o'zaro hamkorlik bo'yicha sherik sifatida aniqladik.
Infektsiyani bostirishda ishtirok etayotgan asosiy biologik jarayon, asosiy gistotompektorlik molekulasi (MHC) molekulalari tomonidan vositachilik qilingan antijen taqdimotidir.Peptidlar (uzunligi 8-12 aminokislotalar), oldindan tugatilgan yoki noto'g'ri oqsillar MHC-I geteromomerga (mikroblobulin deb atalgan MHC-i og'ir zanjirlar; b2m) 17,18.Olingan "Barqaror" men tresterlar hujayra yuzasiga tashiladi, u erda CD8 + t hujayralariga (sitotoksik t hujayralari) mavjud bo'lgan hujayra yuzasiga tashiladi.T hujayralar o'simtaga xos antijeni ko'taradigan patogenlar va hujayralarni taniydi va yo'q qiladi.Shunday qilib, immunitetni nazorat qilishning oldini olish uchun, patogenlar va o'simta hujayralari ko'pincha antijen tarif jarayonini bostiradi.Bundan tashqari, MHC - inson o'smalarining 40-90% va ko'pincha kambag'al prognoz19 bilan bog'liq.
Patogenlarga javob berishda ishtirok etayotgan genlar dam olish holati va faol transkripsiya holatini tezda almashtirishi kerak.Shuning uchun bir nechta uyali oqsillar qisqa vaqt ichida yuqori vaqt davomida, shu jumladan tarqalish va tarbiyher xromatinni o'zgartirish va targ'ibotini o'zgartirish va modifikatsiyasiga javob berish uchun gipotsiya qilinadi.Aksariyat tadqiqotlar IFN mavjudligida ISG proteinli sheriklarini identifikatsiya šilishga qaratilgan.Model hujayra tizimlarida bir nechta protematik va tranzon tadqiqotlari IFN hujayra landshaftida effektni tushuntirdi.Biroq, interferonlar tomonidan qo'zg'atilgan dinamikani tushunishga qaramay, biz hali ham IXGlarni jalb qilish haqida hali ham kam narsani bilamiz.Interferon signalizatsiyasining murakkabligi va vaqtga bog'liq dinamikasini ko'rib chiqayotganda, ikkita savol tezligi va (ii) tez signalizatsiya va (ii).
Ushbu masalalarni hal qilish uchun biz IFBERATED-CHEBROMETRY (DSS) tomonidan ifnyathal protein bilan o'zaro aloqa tarmog'ini va uning dinamikasini o'rganish uchun ajratish vositasi (CLMS) bilan birlashtirdik.DSS Vivo proteinlari va / yoki oqsil komplekslarining proksimal qoldiqlari orasidagi kovalent aloqalar qo'shadi.Keyingi MS tahlillari aniq bir o'tish joylarini ochib beradi, ma'lum bir protein yoki o'zaro bog'liqlik deb ataladigan protein komplekslarida subunitlar aks ettiradi.Ushbu yondashuvdan foydalanib, biz bir nechta roman protein-protein komplekslarini, shuningdek, interferon tomonidan birlashtirilgan mulozimlarning o'zaro ta'sir tarmoqlarini aniqladik.Ushbu yangi o'zaro aloqalar to'plamini yanada sinab ko'rish orqali biz H2BFS (H2BST SSTON tipidagi fs; bundan keyin H2B) va MDN1 HLA-A uchun sherik sifatida ishlaydi.
Flo-1 hujayralar qizilo'ngach Adenokarsinoma-ning eng yaxshi taniqlilaridan biri, chunki ular qizilo'ngach o'smalarining asosiy xususiyatlarini taqqoslaydilar22,23.Biroq, barcha o'smalar immunostik emas va agar 72 soat davomida 10 NG / ml ifna bilan 10 NG / ml iFn bilan 15 NG / ml bo'lsa, biz 10 NG / ml iFNa-ni ko'rib chiqdik.Flo 1 hujayralari PSTAT1 va Irf1 ning erta chiqishi, davolanishdan keyin 2 soatdan boshlab, 72 soat davomida davom etar ekan, irf1 ning statsionar darajasining pasayishi bilan (1A rasm).IXGS (MX1, ifitm1, OAS1 / 2 va ISG15) IFASI (1A-rasm) klassik o'rta va kech fazali javoblarni taqlid qilish uchun kuchli kuchga ega bo'lgan deb topildi.Birgalikda ushbu ma'lumotlar shuni ko'rsatadiki, ushbu uyali model interferon javoblarini o'rganish uchun ishlatilishi mumkin.
Ifniy davolanishdan keyin past-1 hujayralarida differentsial protein iborasi.A) ISGlobobod tomonidan ko'rsatilgan ISG antikorlari yordamida immunoblot yordamida immunoblot yordamida 10 NG / ml 48 va 72 soat davomida bo'lgan oqsil ifodasi tahlil qilindi.(B) kooMassie ko'k rangli sds-sahifasi dsS bilan bog'langan vaqt va kontsentratsiyalar uchun DSS bilan bog'langandan keyin butun hujayra ekstrakti.(C) "Immunobob" ning vakillik oqsillari bilan bog'langan darajadagi bir xil namunalardan P53 (DAS-1) antikor bilan tekshiriladi.
Situ Proteinli interfeysni qo'lga kiritish uchun biz DSS, biz yuqori memranning yuqori o'tkazuvchanligi va nisbatan qisqa reaktsiya vaqti tufayli keng qo'llaniladigan xochni bog'laydigan vositadan foydalandik.Qisqa reaktsiya vaqti keskin oqsillarning katta agregatlarining shakllanishiga yordam beradi, shu bilan kesish mashinasi barqarorligini saqlab qoldi.Optimal DSS konsentratsiyasini aniqlash va biz bosh qahramonlar bilan 5, 10, 5 daqiqa va 30 minutgacha, mos ravishda 5, 10, 5 daqiqa va koomamsli SDS-sahifalar tomonidan dog'larni tahlil qildik (ma'lumotlar ko'rsatilmagan).Hujayralar eng past kontsentratsiyada va eng qisqa vaqt ichida yuqori darajada aloqada bo'lgan ko'rinadi.Shuning uchun, DSS 1, 0,5 va 0,1 mm dan ko'proq vaqt davomida 5 daqiqadan ko'proq vaqtni titradi (1B-rasm).5 daqiqa davomida 0,5 mm DSS bilan optimal o'tish joylari kuzatildi va agar ushbu shartlar ifniy bilan ishlangan hujayralar uchun tanlandi.Bundan tashqari, 1C-rasmda protein keskinlash darajasini baholash uchun P53 (DO-1) antikoridan foydalangan holda G'arbiy Biltni ko'rsatadi.
Flo-1 hujayralari 3 soat davomida soat 10 ng / ml i ifnn mashinasini qo'shishdan oldin 24 soat davomida davolandi.Keyinchalik o'zaro bog'langan hujayralar ikki bosqichli proteoliz va oqsillar bilan ishlov berildi (2-rasm) 24,25.Interfikatsiyalangan triptic peptecidlar ommaviy spektrometrlar tomonidan tahlil qilindi (2-rasm).MS / MS spektrlari protein ketma-ketligiga mos keladi va maxquanranta26,27 bilan hisoblangan.Chiqilgan peptidlar SIM-XL dasturidan foydalanib olingan spektrlar aniqlangan va individual birikmalarning "Sim-XL29" ochiq manbali hisoblash dasturiy ta'minotidan foydalanib murakkab tarmoqqa birlashtirilgan (2-rasm).SIM-XL protein-proteinli o'zaro ta'sirlar, ichki zanjirlar va kompleks oqimlar, oqsil tuzilmalarida o'zaro ta'sirlarni tasavvur qilish uchun skriptlarni ta'minlaydi.Bundan tashqari, u har bir xochga mos keladigan ma'lumotni MS / MS29 spektr sifatiga muvofiq hisob sifatida baholaydi.Bir nechta yuqori oqsil-proteinli o'zaro ta'sirlar va majmualar aniqlandi va molekulyar dinamik (MD) modellashtirish (2-rasm) dan 31, 31 dan foydalangan holda komplekslarning muvofiq o'zgarishi va komplekslarning muvofiqlik o'zgarishi bilan yanada tekshirildi.
Qal 1-hujayralar soatiga 10 ng / ml ifna bilan 24 soat davomida davolandi, undan keyin DSS-larda lizel lizing va tripsivizatsiyasi yordamida Situ oqsillari bilan aloqa o'rnatildi.LC-MS / MS paytida peprid prekursorlarini orbitrap massasi va keyinchalik to'plangan namunalar tahlil qilindi.Ikki bog'langan peptidlar olingan spektrni (SIM-XL) (SIM-XL) (SIM-XL) (SIM-XL) (SIM-XL) tanib olish mashinasidan foydalanib, barcha birikmalar hisoblash quvurlaridan foydalangan holda kompleks tarmoqqa biriktirilgan.Soxta ijobiy stavka (FDR) ball asosida past ishonchli o'zaro ta'sirlarni filtrlang.Molekulyar dinamik (MD) modellashtirish (MD) modellashtirish (MD) modellashtirish (MD) modellashtirish yordamida birgalikda samarali proteinli proteinli o'zaro ta'sirni tasdiqladilar.
Jami ~ 30,500 va ~ 28,500 peptidlar IFPRA namunalari mos ravishda (qo'shimcha stol s1, 3a-rasm).Peptid uzunligi ikkala holatda ikkala holatda ikkala holatda ham katta peptidlarning yuqori qismini ko'rsatdi, u o'zaro bog'liq peptidlar mavjudligini ko'rsatadi (3b, c, c).Bundan tashqari, kattaroq peptidlarning katta qismi ifnaviy davolash uchun ishlatiladigan namunalarda 40-55 oralig'ida mavjud edi (3cur. 3-rasm).Log2-ga qarshi chiqish oqsillari, klassik interferonni rag'batlantirilgan oqsillar, shu jumladan MX1, OAS2 / 3, DDX58 va HLA-F (3D-rasm) ga nisbatan eng ko'p bo'lgan eng boy bo'lganligini ko'rsatdi.Protinatsiya qilinadigan yo'lning ma'lumotlar bazasidan foydalanib, uch baravar boyitilgan proteinlar uchun yo'llarni tahlil qilish, MHC-I-Metkazib berilgan Antigen taqdimot va ishlov berish eng asosiy yo'ldir (3-rasm).Oldingi ma'ruzalar, OAS15 tomonidan antiviral javoblar, shuningdek, IFG'LA / B va Sitokin signalini faollashtirish yo'llari qatorida.Bundan tashqari, lizine- va serine-ma'lum bir proteinli aloqa-uptlar dastlab Sim-XL-dan foydalangan holda sotib olingan MS / MS spektrasidan foydalanilgan.Yaqinda o'tkazilgan tadqiqotda 5 ta virus sinfidan 5 ta virusni tahlil qilish orqali 5 virusli sinflarni metra-tahlil tadqiqotlari orqali amalga oshirgan 104 viruslar.Biroq, katta ma'lumotlar to'plamlarining hisoblash cheklovlarini bartaraf etish, biz Padaria va boshqalar xabar bergan IRD genlari ro'yxatini o'rganish uchun kichik ma'lumotlar stavkasi bilan boshlangan.
IFNA (Makman-dan olingan ma'lumotlar) ga javoban turli xil ifodali oqsillarni aniqlash.(A) IFAlani14-ning davolanmagan va kirilmagan Fal-1 namunalarida aniqlangan oddiy va eksklyuziv peptidlar sonini aks ettiruvchi Venn Diagram.Peptid uzunligi (b) va ifnoga solinadigan (c) kesilgan namunalar.(D) Tugaillanmagan va (lfq intensivligi) ni boshqarilmagan va ifl-1 bilan davolashda engilroq issiqlik xaritasi.Chap panelda ifny mavjudligida faol faollashtirilgan oqsillar ko'rsatilgan.(E) ifniy davolanishdan keyin 20 asosiy boyitilish yo'llarini ifodalovchi gistogram.Reaktiv yo'lning ma'lumotlar bazasi ifnyatsiya qilingan proteinizatsiya qilingan to'rt marta o'zgaruvchan o'zgarishlarni tahlil qildi.
Interferon-vositachiligidagi ISG stimulyatsiyasi yaxshi hujjatlashtirilgan, ammo molekulyar darajasida bu oqsillarning turli xil biologik funktsiyalarda qanday o'zgarishini qanday tushunishining aniq tushunilgan.Biz taniqli ITGlar o'rtasida yuqori darajadagi ishonch bilan oqsil o'zaro ta'sirini tadqiq qildik.Qizig'i shundaki, biz IF ASP18, USP18, OAS3, OAS3, OAS3, OAS3, OAS3 proteinlarini, shuningdek, ifna1, s2, jadval) 32,33,34 ni tashkil etdik.Eng muhimi, bu o'zaro ta'sirlarda ifniy davolanishga javoban shakllanishiga javoban shakllanganligini taklif qilib, ular shakllanganligini taklif qilib, ushbu o'zaro bog'liqliklarning o'zaro bog'liqliklari topildi.Ma'lumki, Stat1 tranzit tartibida ushbu IMGlarning ifodasini tartibga soladi, ammo uning IXGlar bilan o'zaro ta'siri o'rganilmagan.Stat1 kristalli tarkibi uning xiyobon domeni (CCD) Dimers35 shakllanish paytida DNK yoki protokiterlar bilan o'zaro munosabatlarga aloqador emasligini ko'rsatdi.Ushbu rivoyatchi ilg'or helix tuzilishini tashkil qiladi, bu esa o'zaro ta'sirlar uchun asosan gidrofilik sirtini ta'minlaydi.Bizning kxatsabimizlik ma'lumotlarida biz Stat1 bilan o'zaro munosabatlarning aksariyati CCD, Linker Domen yoki C-Terminal dumida (700-708) (400-708).Oldingi tadqiqot xabariga ko'ra, USP18 stat2-ning DNK-majburiy domeniga (DBD) bog'langan va men interferon signalizatsiya qilingan 24 turini buzish uchun IFPAR2 retseptoriga beriladi.Ma'lumotlarimiz shuni ko'rsatadiki, USP18 katalitik domeni stat1 va stat2-ni IF18 uchun ham USP18 ga jalb qilishda rol o'ynashi mumkinligini ko'rsatdi.
Protein-protein ISG tarmog'i ifra bilan davolangan xujayralangan hujayralarda aniqlanadi.A) Elektron proteinli o'zaro ta'sirni ko'rsatadigan 2D o'zaro aloqalar (SIM-XL dasturida jamlangan), va egnayarulyar o'zaro ta'sir (3,5 ga yo'naltirilgan).Turli xil xususiyatlarning domenlari o'zlarining ranglari32: MX1 domeni, Domp1 domeni, Dinamin_n (73-249), Dinamin_M (259-547) va GED (569-660) belgilanadi.OAS3 domenlari: OAS1_C (160-344), OAS1_C (559-755), NTP_TransF_2 (780-872) va OAS1_C (903-108).Domen robo1, IG_3 (67-151), i-to'plam (262-347), IG_3 (454-529), IG_3 (562-646), FN3 (562-646) (678-758) va FN3 (777-864).Stat1 yo'nalishlari: Stat_int (2-120), Stat_alfa (143-309), SH2 (573-657) va Stat1_taz2bind (715-739).(B) o'zaro bog'liq bo'lgan oqsillarning (MX1, UBP18, OAS3, Robo1 va Stat1) ko'k va qizil rangda bo'lgan o'zaro va qizil ranglarda etiketlanadi.Xoch linkidan 3,5 ga o'rnatildi.Dot falotlari stat1 bilan o'zaro aloqalar saytlarini MX1 (C), USP18 (d), Robo1 (E) va OAS3 (F) bilan, shuningdek, ikki peptidlar o'rtasidagi o'zaro ta'sir joylari.Rasmda CHREM-havoladagi ballning chegarasi 3.0 ga o'rnatiladi.(G) pimoldagi protein tuzilmalari (pumol molekulyar grafikasi tizimiga (pimol molekulyar grafikasi tizimi) o'rtasidagi turli xil o'zaro hamkorlik joylari (Pimol molekulyar grafikasi), 2,0 versiya.Stat1 (PDB ID: 1bF533) va Oas3 (PDB ID: 4S3N34).) Dastur.
Sitoplazma va yadrosi 36 ga teng ravishda yadro va yadrosi 36-sonli yadro va yadroda joylashgan N-terminal domenisiz, yadro yoki yadrolarsiz ko'rinadigan to'liq oqsil, USP18-SF, USP18-SF, USP18-SF, u USP18-SF, u USP18-SF, u USP18-SF, u USP18-SF, sitoplazm va yadrosi 36-dagi ko'rinishga ega.Bundan tashqari, N-Terminus tuzilmaydigan va izopeptidaza faoliyatini yoki ISG1537 majburiyligini talab qilmagan.Tadqiqotimizda aniqlangan o'zaro munosabatlarning aksariyati ushbu shovqinlar to'liq metrajli USP18 (D, d) ni o'z ichiga oladi (D, d) va shu bilan yadroda paydo bo'lishi mumkin.Bundan tashqari, bizning ma'lumotlarimiz, shuningdek, N-Terminus protein proteinli o'zaro ta'siriga ixtisoslashganligini ko'rsatadi.IFNAR2 majburiy maydon 312-368 qoldiqlari orasida joylashgan va xususan, kompleks tarkibda bu mintaqaga bog'langan hech bir oqsillar (4a-rasm) 37,38.Ushbu ma'lumotlar birlashtirilgandan so'ng, IFNAR2 majburiy domeni xoltadan retseptor oqsil tomonidan ishlatilganligini ko'rsatadi.Bundan tashqari, faqat OAS3 va Robo1 N-Terminus va IFNAR2 majburiy maydon bilan bog'liq bo'lgan domenlar bilan bog'liq deb topildi (4A-rasm).
Robo1 immunoglobulinga (IG) superembrulyin sigirlari superfulati yoki beshta Ig Besh domenlardan va uchta domening (FN) hujayralar mintaqasidagi domenlardan iborat.Ushbu ekstrakelsululyar domenlar parmorning proksimal mintaqasi va bitta uzatmali banki 39. Tasdiqlanmagan ichakda 39.Aminokislotalardan uzoq vaqt davomida ~ 1100 dan 1600 gacha tartibsizlik tartibsiz.MX1 robo1 bilan IG, FN va ichidagi ichakli domenlar orqali, stat1 bilan o'zaro aloqada bo'lganini aniqladik, ular CCD, Linker domeni va C-Terminus-ning C-Terminuslari o'rtasida.Boshqa tomondan, di, DIII va OAS3 Linker viloyatlari bilan o'zaro ta'siri robo1 proteinida tarqatildi (4a-rasm).
Oligagenylyati Sytaghaz (OAA) oqsil oilasi, ichki tikilgan RNN (DSRNA) ni qabul qiladi va konformatsiya o'zgaradi va 2: 2-5 gacha) 40 ni sintez qiladi (2-5) 40 ni sintez qiladi.Uchta tog 'orasida, OAS3 dsrna uchun eng yuqori yaqinlikni namoyish etib, 2-5 ning eng kam miqdorini sinadi va shu bilan 41 virusli replikatsiya 41-ni cheklay oladi.OAS oilasi polimerase beta (pol-b) o'xshash nukleotid o'tkazma o'tkazmalari domenlari.Oldingi tadqiqot shuni ko'rsatdiki, C-Terminal domenining katalitishi (DIII) ning katalitik faoliyati OAS342 faollashtirish uchun zarur bo'lgan DSRNA-bog'lovchi domen (di) ga bog'liqligini ko'rsatdi.Biz OAS3 ning di-domenlari CCD va SH2 va Stat1 Tad orasidagi kichik birlashma mintaqasi bilan o'zaro aloqada bo'lishini kuzatdik.Protein tuzilmasidagi turli xil kesish joylarini to'ldirish b va DbD Stat1 Loop va OAS3-rasmda bo'lgan 60-75-sonli masofada (4G.).Majldagi oqsillarning yo'nalishi, shuningdek, OAS3 bilan o'zaro ta'sirlarning derali domenining DNKni bog'lash qobiliyatiga aralashgani yo'qligini ko'rsatdi (S1a-rasm).Bundan tashqari, OAS3 ning di va DOII domenlari bilan MX1 GTPase-terminal domeni keng tarqalgan (4a-rasm).Shuningdek, biz har uch mx1 domenlari bilan bitta uchta ifnirite1 domeni (katalitik jihatdan faol) bilan o'zaro aloqada bo'lgan OAS1 va MX1 o'rtasidagi o'zaro ta'sir ko'rsatdik (shuningdek, katalitik jihatdan faol).
MX proteinlari GTP, gidrolyz va gidrolyzni o'z ichiga olgan, gidrolyz, gidrolyz va gidrolyz va gidrolyz, gidrolyz va gidrolyzni o'z ichiga olgan. ).MX1 virusli gener43 ni transkripsiya qilish uchun virusli polimeralar qissalarini bog'laydi.Oldindan xabar qilingan xamirturush ikki gibrid ekran ko'rsatildi, shunda Pias1-uloqat-gibtlangan MX1 DNKni majburiy faoliyatni blokirovka qilish orqali stat1-vositachilig gen faolligini inhibe qiladi.Bu erda biz MX1 stat1 ga bog'langanligini namoyish etamiz (4C-rasm), ammo ushbu hamkorlik Stat1-Mediatsiyalangan gen statentsiyasiga qo'shimcha ravishda qo'shimcha ravishda o'rganishga ta'sir qiladi.Bundan tashqari, biz, shuningdek, MX1 ifit3 va DDX60 bilan o'zaro aloqada bo'lgan ifniy bilan birlashma bilan o'zaro aloqada bo'lishini aniqladik (S2C-rasm).
DDX60 - agar ilgari virusli RNNA tomonidan mustaqil tanazzulda rol o'ynashi to'g'risida xabar berilgan IFN-IFN-diskdagi vertazasi.Bu Liga va DNK va DNA47 ni bog'laydigan DDD / H-Box Helicase domeni va Viral Rekinali versiya domeni va viral Rekalin versiya domenidan iborat.MX1 va IFIT3 bilan o'zaro ta'sirlarning aksariyati uzoq vaqt davomida n-va C-terminal mintaqalarida kanonik domenlar yoki motifsiz holatlar (s2e, f).Biroq, MX1, shuningdek, Dexd / H-Box Helicas domeni bilan bog'liq (S2E-rasm).IFIT oilasining oqsillari tandem-latettle-lashboshi-gelixning minutreptide takrorlangan (TPR) deb atalgan.IFIT3 rukm i signal va shuning uchun Mavs majmuasining tarkibiy qismini ijobiy modulyator deb topildi.Birgalikda olingan ma'lumotlar Bizning ma'lumotlarimiz, agar TPR 3-6-ning IFIT3 oralig'idagi mintaqada birinchisiga va "IFIT" "IFT-i / Mavs signalida rol o'ynashi mumkinligini taxmin qiladi.
Ushbu skrini skriningini hisobga olgan holda hisoblash bo'yicha intensiv, demak, tanazzulga olib chiqilgan takroriy takrorlashlardan biri bo'lganligi uchun butun insoniy UPROT ma'lumotlar bazasini namoyish etamiz.Ushbu nusxada biz HLA-A uchun bir nechta ishonchli o'zaro ta'sir tarmoqlarini topdik.MS / Ms Sectar tomonidan aniqlangan oqsil yo'llari tahlili shuni ko'rsatdiki, MHC-i antijenni qayta ishlash va taqdimot o'zaro ta'sir ko'rsatadigan asosiy yo'ldir (3D-rasm).Shuning uchun biz MHC-i molekulalarning oqsil va molekulalarining barcha o'zaro bog'liq namunalarga ishonch bilan yuqori darajadagi ishonchni o'rganishga e'tibor qaratdik.HLAA A1, a2 va a3 domenlari va engil zanjirlardan iborat va mikroblobulin b2 (b2m) doimiy cherkovon oqsil 49.Bir marta endoplazmik retikulumda yig'ilgan, HLA peprid ligands50 bo'lmaganida beqaror.Peptidni bog'laydigan g'ulka polimorfik va a2 domenlari tomonidan polimid bo'lmagan va polimorfik a351 domenidagi domenlar tomonidan shakllanadi.IFERA bo'lsa, biz ikkita hla-a kompleksni aniqladik: HMGA1 va H2B (5-rasm) va boshqa raqamlar bilan o'zaro ta'sir qilish va boshqa raqamlar MDN1, LRCH4 va H2B bilan o'zaro aloqada bo'ling (6-rasm).
HLA-ni H2B (H2BFS) va HMGA1 bilan o'zaro ta'sir tarmoqlarini (HLAB) va HMGA1 ga olib boradi.(A) H2B-HLAA-A-HMGA1 kompleksi tarkibidagi turli xil o'zaro ta'sirlarni aks ettiruvchi 2D fitnasi (SIM-XL dasturiy ta'minotida jamlangan): Interlinink (ko'k), o'zaro bog'lash (qizil) va bitta havola (qora)..Turli xil identifikatsiyaning domenlari rang kodlangan32: H2B (giston; 2-102) va MHC-I (25-203; 25-203, C1 guruhi; 337-364; 337-364).Xoch linkidan 3,5 ga o'rnatildi.Dot plastiklari HLAB - B) va HMGA1 (C) bilan, shuningdek, ikki peptidlar orasidagi k yoki S o'zaro ta'sir joylari.Rasmda CHREM-havoladagi ballning chegarasi 3.0 ga o'rnatiladi.(D) pimmol dasturidagi H2B, HLA-A va HMGA1 proteinsida ko'rsatilgan oqsillar o'rtasidagi munosabatlar.Ushbu tuzilmalar Fyre2 Server (http://www.sbg.bio.uk/phyre2) va mos ravishda HABR552, 1KJ349 va 2ee 55 uchun.
IFNA-xla-o'zaro ta'sir tarmoqlarini H2B (H2BFS), MDN1 va LRCH4 bilan izlamoqda.(A) 2D interfaol xaritada (SIM-XL dasturiy ta'minotida jamlangan SIM-XL dasturiy ta'minotida jamlangan Mall-CLOSLINK) va aylana sifatida ko'rsatilgan.Turli xil identifikatsiyaning domenlari rang kodlangan32: H2B (giston; 2-102), MHC-i (MHC_1), MHC_I_C; LRCH_AC (LRR_8 (68-126), LRR_8 (137–194) and CH (535–641)).B) H2B, HLA-A, LQCH4 va MDN1 proteinasining pimlol dasturida ko'rsatilgan oqsillar o'rtasidagi munosabatlar.Ushbu tuzilmalar phyr2 serveridan (http://www.sbg.bio.uk/phryre2) 1K'552, HLAB-A, LRCH4 va MDN1 oqsillari uchun shablon tuzilmasi yordamida modellashtirilgan. mos ravishda.X hlab (c), LRCH4 (d) va MDN1 (e) bilan o'zaro ta'sir joylarini ko'rsatadigan nuqta uchastkalari.Uchrashuvlar uchun xochlar havolasi belgisi 3.0 ga o'rnatildi.
Bashoratni tartibga solishda genomiyaning yaxlitligini saqlashdan tashqari, shuningdek, tranzitni tartibga solishda ishtirok etadi.H2B Prefin Looplari va C-terminal quyruqlari tomonidan ajratilgan uchta uchta telefon orqali ajratilgan markaziy gistron domeni (XFD) tarkibiga kiradi.H2B bilan o'zaro munosabatlarning aksariyati HFD heterogieMer bilan trimerlashtirishni ta'minlaydigan a1 helixida sodir bo'ladi (5a, b).Garchi Lysins DNK bog'lanishiga aloqador bo'lsa-da, ba'zi lizinlar ham muqobil aktivatsiya yoki metilliatsion saytlardir.Masalan, K43, K46 va X2B-dan K57 qoldiqlari to'g'ridan-to'g'ri DNK majburiyligi bilan shug'ullanmaydilar, ammo transkripsiyadan keyingi turli xil o'zgartirishlar53.Xuddi shunday, K44, K47 va K57 qoldiqlari H2B-da IFERI, boshqa oqsillar bilan o'zaro ta'sirda alternativ rol o'ynashi mumkin (5A-rasm).Bundan tashqari, H2B ekstrakromosomastining turli xil hujayralardagi immunitet ta'sirini faollashtiradi.DNK viruslari mavjud bo'lganda, H2B Deputation IFN-B ishlab chiqarish va Stat154 fosforillanishini inhibe qiladi.H2B, shuningdek, boshqa yadrolar tarixidan tezroq va tashqarisida joylashgan.H2B MDN1 va LRCH4 bilan o'zaro ta'siri tanlangan kamchiliklarda ham kuzatildi.Biz HLAB-AFNA-da tan olingan barcha uchta kamzulda va bir marta takrorlanmagan namunada HLAB bilan o'zaro aloqada bo'lganini aniqladik.Ushbu ma'lumotlar H2B ning rolini tranziyalash to'g'risidagi tartibga solishdan mustaqil ravishda alternativ fiziologik funktsiyada aks ettiradi.
HMGA1 (High Can-Gookce guruhi 1), kasallik targ'ib qiluvchi aminokislotalarga boy kichik nukleoprotein HLAA-A bilan birlashishda aniqlandi.Uning kislotali Centy-terminal dumi va uchta aniq DBDS chaqirilgan, chunki ular DSDNA555,56 dagi boy hududning voyaga etmagan mintaqasida kichik mintaqaning kichik hududini bog'laydilar.Ushbu bog'lanish DNKning egri transkripsiya omillariga konsensus tartibini kiritishga imkon beradi.C-terminal dumi oqsil-proteinning o'zaro ta'siri va transkript omillarini yollash bilan shug'ullanadi, chunki C-terminalni o'chirish mutantasini kesib o'tishga qodir emas.Bundan tashqari, ushbu domenda kinazlar uchun ma'lum bo'lgan konservalangan fosforitatsiya joylari mavjud.Biz C-Terminal domeni mintaqaviy domenni majburiy ravishda bog'lash uchun ishlatilganligini taxmin qilayotganini taxmin qilib, HLA-A va H2B bilan o'zaro aloqani kuzatib bordik (5A-rasm, c).HMGA oqsillari H1 darajali gi1 gisti bilan kurashish uchun kurashish uchun u bilan bog'lanish uchun majburiy ravishda foydalanish imkoniyatini oshirish uchun.Shunga o'xshab, HMGA H2B tarixi H2B musobaqasida H1ST musobaqasi bilan raqobatda H2BST musobaqasi bilan o'zaro ta'sir qilishi mumkin.HMGB1 dendrit hujayralarida HLA-A, -B va -C-ning ifodasidan kelib chiqadi.Biz HMGA1 AF HLAT-A ning 3 dBD domenlari bilan o'zaro aloqada bo'lganini aniqladik (5A-rasm).Bizning qo'limizda HLA-A yadrosi (ko'rsatilmagan ma'lumotlar ko'rsatilmagan) va H2B va HMGA1 yadrosida ham yadroda mavjud bo'lganligi sababli, bu shovqinni yadroda mavjudligini hisobga olgan holda.H2B, HLA-A va HMGA1 o'rtasida o'lchanadigan maxsus qo'shimchalar 5D-rasmda keltirilgan.
HLA-A ning boshqa proteinlari bilan boshqa o'zaro ta'siri uning a1 va a2 domenlari va tartibsiz C-terminal domeni ichida sodir bo'ladi (6-rasm).Ushbu misollardan birida biz HLA pishli n-terminal dumi bilan o'zaro ta'sirni aniqladik (6A-rasm).LRCH4 tlr4 faollashtirish va lps sittokin indüksiyasini tartibga soladi shu bilan tug'ma immunitetni modernizatsiya qiladi60,61.Bu to'qqiz leyvein-boy tziqotsi (CH) uyali motifi bo'lgan membraniy oqsil va uning ekzodomali domeni (TMD) 60, 62.CH domenlari protein-protein o'zaro ta'sirini meditatsiya qilish bo'yicha xabar berildi 60.LRR va CH domenlari o'rtasida 300 ga yaqin aminokislotalarning uzunligi nisbatan qulaydir, ammo tartibsiz.Protein-protein tarmog'i va vessuik transport 63 mitavitatorlari sifatida tartibsiz hududlar faoliyatiga asoslanib, mahkumona o'zaro ta'sirlar tartibsiz hududlarda ro'y beradi.MDN1 bilan o'zaro munosabatlar proteinning uzunligi, shu jumladan LRR1, LRR6, CH domenlari va tasodifiy mintaqalar, H2B asosan CH domeniga bog'langan (6a-rasm).Xususan, klement yondashuvining o'ziga xos xususiyatlarini taklif qiladigan TMJ o'zaro munosabatlarning hech biri kiritilmagan (6A-rasm).
MDN1, shuningdek, HLA-ni protein tarmog'ining bir qismi sifatida aniqlangan (6A-rasm).Bu Oqsillarning AAA oilasiga tegishli (turli tadbirlar bilan bog'liq atpalar).Bu bir xil N-Terminal AAA domeni, bu geksaerik halqani tashkil qiladi va 60-sonli ribosoma subunitidan yig'ish koeffitsientini yig'adi.dyrein64,65,66 ga o'xshash ko'rinadi.Bundan tashqari, MARAS domeni (metall ionga bog'liq sayt) ni asp / Blu boy mintaqasi kuzatiladi.MDN1 ning katta miqdori tufayli (taxminan 5600 aminokislotalar) va yaxshi o'rganilgan oqsillar bilan cheklangan gomologiya, uning tarkibi va insonlardagi funktsiyasi haqida kam ma'lumot beradi.Biz MDN1 majburiy sheriklar sifatida HLA-A, H2B va LRCH4-ni aniqladik va ularning yo'nalishini pimmolda protein komplekslari sifatida ochib berdik (6a, b).Ushbu uchta oqsil AAA domeni, dynein kabi Linker Domeni va ehtimol MDNas MRNA1 domeni bilan o'zaro ta'sir qiladi.Oldingi xabarda, o'lja oqsillarini tozalash MDN1 H2B67 yilsti bilan bog'liq bo'lgan oqsil sifatida MDN1 ni aniqladi.Bundan tashqari, yaqinda o'tkazilgan tadqiqot, shuningdek, HCT116 hujayralarida HCT116 hujayralarida, shuningdek, bizning topinish-sasimal spektrometriyani qo'llab-quvvatlagan holda, HCT116 hujayralari o'rtasidagi o'zaro munosabatlar haqida xabar berdi68.Ushbu kompleksning ifnerga nisbatan davolangan namunalarda ushbu kompleksni identifikatsiyalash MDN1 uchun interferon signalizatsiyasida rolni taklif qiladi.
Chunki HLA genlari juda polimforikdir, biz HLA-A, -b, -b, -b, va -b-ni xaritalash-ni o'qiydi (ko'rsatilmagan ma'lumotlar).Imkoniyatli peptidlar HLA-A-da (S3) (rasm S3) joylashgan hududlarda izohlaydigan peptide-ketma-ketliklar (rasm).Bundan tashqari, biz HLA-B / C molekulalarini HLAB / HMGA1 / MDN1 / LNCH4 oqsillari bilan oqsil bilan bog'lashni kuzatmaymiz.Bu shuni ko'rsatadiki, HLA-A, MDN1, LRCH1 va HMGA1 o'rtasida bo'lgan proteinli o'zaro ta'sir HLA-a.Bundan tashqari, kesilgan namunalar (jadval s4) proteomik tahlili XLA-B yoki HLA-C ga nisbatan yuqori ketma-ketlikdagi yuqori ketma-ketlikni qoplashini ko'rsatdi.HLA-A uchun aniqlangan peptidlar ifnavoni davolashda ham, davolanmagan va qo'llanilgan namunalarda ham kuchli edi.
Bu erda aniqlangan o'zaro ta'sirsiz ahamiyatsiz fazoviy yaqinlashuvda aniq bo'lmagan o'zaro bog'liqlik bo'lmasligi uchun, biz birgalikda kamsizopsiyatsiyadan olishni amalga oshirish orqali ikkita yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi HLA yangi hla-ashyolyatsiya qilishni tasdiqladik.HLA-endogen MDN1 va H2B bilan bo'lgan o'zaro ta'sirlar ifnerga yoki davolanmagan Fal-1-rasmda (7-rasm).Biz HLAB-A tomonidan qo'llab-quvvatlanganligi sababli HLAB tomonidan bekor qilinganligi va ushbu birlashma davolashda amalga oshirilmagan hujayralardan tashqari (7A-rasm) emmunopriketli namunalarda yo'qligini tasdiqladik.Biroq, bizning ma'lumotlarimiz shuni ko'rsatadiki, ifno-ni HLA-A-ni H2B va MDN1-ni tartibga soladi.H2B va HLA-A o'rtasidagi birlashmalar uyushmasi IFERI va HLAB-AK o'rtasidagi aloqalar MDN1 bilan birlashishni kamaytiradi.Biz MDN1 HLAB-A tomonidan boshqariladigan va ifni IFCni IFERI tomonidan IFERI tomonidan amalga oshirilgan holda, IFNA tomonidan amalga oshirilgan IFni (7b, c).Bundan tashqari, HLA-A549 hujayralarida H2B-ni A549 hujayralarida ushladi (S4-rasm).Birgalikda ushbu natijalar HLA-A va MDN1 bilan HLA-A kompaniyasining interferon vositalari o'zaro ta'sirini qo'llab-quvvatlaydi.
Vakil ennogenoogen H2B (a) va MDN1 (b) iste'mol qilingan jadal-1 hujayralar tomonidan immunloet immunloets immunloet immunloet immunloets iFnave-1-1 hujayralaridan va ko'rsatilgan antibodlar uchun sinovdan o'tkazildi.Sichqoncha va quyon Igg salbiy nazorat sifatida ishlatilgan.(C) Turli antijenlarning nisbiy miqdori (kirish) ko'rsatilgan antikorlarga qarshi sinovdan o'tgan, b-aktsin yuklash nazorati sifatida ishlatilgan.
Interferon tomonidan ishlab chiqilgan o'zaro bog'liq bo'lgan tarmoqlar, H2B-HLA-A-HMGA1 deteferon tomonidan birining tarkibiy xususiyatlari tekshirildi.Biz ushbu kompleksda ishtirok etadigan oqsillarning kolishtirgan dinamikasini tushunish uchun alternativ yondashuvni (8-rasm) tushuntirish uchun molekulyar dinamikani modellashtirishdan foydalandik.CHMB ma'lumotlari haqida xulosalar H2B, HLA-A va HMGA1 proteinlarining turli xil moslashuvlari mavjudligini anglatadi.Shu sababli, erituvchi vositalarda quyidagi potentsial komplekslar modellashtirildi: H2B-HLA-A, HLAB1-A va H2B-HLA-A-HMGA1.Moe-dan foydalanib (molekulyar harakat muhiti; kimyoviy hisoblash guruhi, Monreal, Kvebec, Kanada) ushbu oqsillar orasida farq qiladigan tuzilmalarni taklif qildi (8A-rasm).Nazorat oqsil kompleksini vizualizatsiya qilish bir nechta o'zaro ta'sir va moslamalarni aniqladi (5A-rasm, 8-rasm).Shunday qilib, har bir uslubda 8A-rasmda (yorliqli uyali havolalar bilan) va u keyinchalik MD modellashtirish quvuridan foydalanib yanada baholandi.Bundan tashqari, H2B1 yoki HMGA1-ni HLA-A-ga HLAB uchun eng yuqori darajada HLA-A uchun eng yuqori darajada eng yuqori darajada.
H2B (H2BFS) -xla-a, hmga1-hla-a va h2b-hla-a-hla-a-hla-a-hma-A-hla1 komplekslari o'rtasidagi mumkin bo'lgan tarmoqlarning o'zaro bog'liqlik dinamikasi.(A) Chap panel 2D xaritasi (SIM-XL dasturiy ta'minotida yaratilgan), mushaklar va interfalpulyar (ko'k) kesishmalar (3,5 ga tushirilgan).Bundan tashqari, aniqlangan kesishqoq qoldiqlar H2B, HLA-A va HMGA1 proteinlarining tuzilmalariga yorliqlangan.Ushbu oqsillarning tegishli tuzilmasi MOE paketida amalga oshirilgan dokal quvurdan foydalanib olindi.Pastki chap panel H2B-HLAT-A va HMGA1-hla-hla-hla-hla-hla-hla-hla-hla-hla-hla-hla-hla-hla-hla-hla-rakultsiyasini turli xil rang-barang bo'lgan murakkabliklarni ko'rsatadi (GBRI / WSA dg; kkal / mol).(B) Har bir oqsil tuzilmasi uchun atom pozitsiyasining (vodorod atomlaridan tashqari) noromiy og'ish (rmsd).(C) Internet tarmog'idagi protein-proteinli vodorodli obligatsiyalar oralig'idagi turli xil o'zaro ta'sirlarni hisobga olgan holda turli xil simulyatsiyalar bilan aloqalar.H-obligatsiya donor o'quvchilari 3,5 Ågacha o'rnatildi va donor-h-qabuldorni kesish burchagi 160 ° -180 ° ga o'rnatildi.(D) HLA-A-H2B va HLA-A-HMGA1 komplekslaridan olingan (HLA-A-HMGA1 komplekslaridan olingan 20-sonli xolding sotilgan qoldiqlari.Protein tuzilmalari 100 ns mds o'rtacha tuzilishini anglatadi.(E) Ikki peptidlar o'rtasidagi o'zaro ta'sirga asoslangan HLA-A-A-H2BA1-komplekslar bilan taqqoslaganda HLA-A-A-A-HMGA1 komplekslari o'rtasida o'zaro ta'sir.Komplekslar / HMGA1-HLA-A / H2B-HLA-A-HMGA1.Qarama-qarshi aloqalarni baholashning chegarasi 3.0 raqamiga o'rnatildi va MDSni olishning o'ziga xos o'zaro ta'sirlari hisobga olindi.Protein tuzilmalari Biov Scnency Studio (DASAPAR SYSTETS, Biovia Corp., San-Diego, AQSh) (Wyne Diego, San-Diebo, Monreal, Kuebec, Kanada) yordamida vizualizatsiya qilindi.
Vaqt o'tishi bilan HLA-molekulalarning barqarorligi (standart og'ish; rmsd yoki standart og'ish; RMSF) komplekslardagi HLAB-A stoblonida HLAB yoki HMGA1 proteinlari mavjudligi (8b-rasm, S5-rasm).HMGA1 oqsil HLA-A-A-HMGA1 yoki H2B-HLA-A-HMA-A-HMGA1 kompleksi (8b-rasm, s5-rasm) hla-a ning aminokislotalariga mahkam bog'laydi.Xususan, HLA 60-90 va ~ 180-210 H2B mavjudligi kamroq moslashuvchan deb topildi (8b-rasm).HLAB va HMGA1 HLAB-A-A-ga H2B-A-A-A-HMGA1-ga faqat HLA-A-A-A-HMGA1-ga, faqat HLA-A-A-A-HMGA1 kompleksi bilan yakkalanib, yolg'iz (8C-rasm).Vodorod bog'lanishiga bog'liq qoldiqlar (MD yuqori martabali egallash) kompleksning o'zaro ta'siri juda ishonchli bo'lgan o'zaro ta'sirli saytlar (k yoki S rezissiyalari) bilan bir-biriga mos keladi.Ishonchlilik (8E-rasm).X2B va HMGA1-rasmni bog'lab qo'ygan XLAB-larda 190-210 va 200-220 gacha Amins klotsovlari (8-rasm).
Protein-Protein o'zaro ta'siri ba'zi dinamik strukturaviy tarmoqlarni, muayyan ogohlantirishlarga javoban mos keladigan dinamik tarmoqlarni shakllantiradi.Proteinning umumiy barqaror barqaror ravishda barqaror ravishda barqaror o'zgarishlar bilan ko'plab protematik yondashuvlar yondashuvi, protein-proteinli o'zaro ta'sirli dinamika majburiy interfeyslarni qo'lga kiritish uchun qo'shimcha vositalarni talab qiladi.Interferent signalizatsiya tizimi, bu hujayralarni atrof-muhitning patogen va ichki patogen signallariga javob berishga imkon beradigan, interferon-yodgorlik oqsillari tizimiga kirishda keskinlikni keltirib chiqaradi.Biz kxatsiyalarni aralashtirishni aniqlay olmaymiz, agar protein proteinli o'zaro ta'sirini interferon qatlamlari guruhi bilan aniqlash mumkin.Protein komplekslarini suratga olish uchun Interferon-Jamo-1 hujayralari modelidagi interferon-1-hujayradagi global proteinli global tahlil.Triptik peptidlarni kesib bo'lmaydigan va keskin bog'liq bo'lmagan hujayralardan qazib olish peptid sasmolarini hisoblash, teptwayni boyitish va peptid intensivligi bilan peptid uzunligini taqsimlashga imkon beradi.Sanonial ravishda aralashish varaqli oqsillar ijobiy ichki nazorat sifatida aniqlangan, masalan, MX1, US1, OAS3 va Stat1 kabi yangi interfental va aralashuvdagi xochga o'xshash oqsillar kuzatildi.Funktsional hududlarda turli xil tarkibiy xususiyatlar va o'zaro ta'sirlar o'rganildi.
Xla-A, MDN1 va H2B o'rtasidagi o'zaro munosabatlar kamera 1 va A549 hujayralarga ishlov berilmagan va ifno bilan davolanmagan holda aniqlangan.Bizning natijalarimiz HLAB-larni xalalli kompleks bilan bog'liq bo'lgan komplekslarni ta'kidlaydi.Bizning ishimiz ushbu ikki kompleksni birgalikda lokalizatsiya qilishning yanada o'rganish uchun qiziqarli prospektni anglatadi.Shuningdek, u hujayralar turidagi hujayralararo interferon aralashuvi bilan o'zaro aloqani aniqlash uchun hujayra liniyalari yonidagi aloqalarni kengaytirishni kengaytirish qiziqarli.Va nihoyat, biz MD modelini MD modelini, Atramasekiskulyar va ko'chma o'zaro muzokaralarni kuzatadigan oqsillarning kelishuvini tushunish uchun muqobil yondashuv sifatida foydalanamiz.CHBB ma'lumotlaridan kelgan xulosalar H2BFS, HLA-A va HMGA1 proteinlarining turli xil moslashuvlari mavjudligini anglatadi.Ushbu displeyda oqsil komplekslari orasidagi har xil konfentsiyalar klitssiz ma'lumotlar jadvalida kuzatilganlarga o'xshash bir nechta o'zaro ta'sirlarni aniqladi.Bizning usulimizning asosiy kuchli tomonlaridan biri bu HLA kabi o'zaro ta'sirli yuqori polimorfik genlarni osonlashtirishga imkon beradi, shuning uchun HLAA Haplotipga xos oqsillarni o'rganish juda qiziqarli bo'ladi, ularda o'qish qiyin bo'lgan.Birgalikda biz klementlar interferon-yassi signal tarmoqlarini tushunishimizni kengaytirish va o'sma mikroenvirmentsialmentida yanada murakkabroq malaka oshirish uchun asos bo'lishi mumkinligini ko'rsatadi.
Pol 1% penitsicillin / streptomitsin (gibco) bilan to'ldirilgan va 37 ° C va 5% CO2 bilan to'ldirilgan ATCC-dan ATCCdan olingan.Inkubatsiya.C hujayralari ifnirbod bilan davolashdan oldin 70-80% ga o'sdi (Edinburg oqsil ishlab chiqarish inshooti tomonidan ishlab chiqarilgan).Agar boshqa barcha kimyoviy moddalar va reaktiventlar, agar boshqacha ko'rsatilmagan bo'lsa, SIGMA ALDRICH-dan sotib olindi.
Pla-1 hujayralari 6-yaxshi plitalarda etishtirildi va ertasi kuni hujayralar 10 ng / ml 1 soat davomida 24 soatdan taxminan 80% gacha bo'lgan.Hujayralar uch marta pbalar bilan birga yuvilgan va yangi tayyorlangan DSS (Termo Fisher Ilmiy) bilan 37 ° C dan 37 ° C gacha bo'lgan.DSS Call -sinking reaktsiyasi PBS va qoldiq DSS bilan 37 ° C dan 15 minut davomida 20 mm tris (PH 8,0) ni qo'shib, taxminan 20 mm trakli (pH 8,0) qo'shib qo'ydi.Hujayralar parchalanib, past bog'laydigan naychalarda to'planib yig'ilgan.
Hujayra pelleti 300 mkli karbamid lissis lizasi (8 m karbali, 0,1 m TRIS, PH 8,5) vaqti-vaqti bilan silkinish bilan 30 minut davomida 30 minut.Barcha sanktriflashning barcha choralari 8000 XG 8 ° C da amalga oshirildi.10 daqiqa davomida laysatni 10 daqiqa davomida va o'ta g'ayritabiiy ravishda yangi trubkaga o'tkazing.Qolgan aniq zarralar ikkinchi lizisferi (2 m kareya, 2% (W / V) SDS (n / v) SDS (nishium Dodecyl sulfati) olindi.Lizat 20 daqiqa davomida santrabin kiritdi va g'ayritabiiy bir qadamda olingan lizat bilan aralashtirilgan.Protein konsentratsiyasi Microplatatsiya protseduralari bo'yicha ko'rsatmalariga binoan Micro BCA ARAY (TEMO FILI FILIA) yordamida baholandi.Namunalar suyuq azotda tezda muzlatilgan va -80 ° C da saqlangan.
Taxminan 100 mkg eriydigan issiqlik bilan bog'liq oqsilni WisNieevsi va boshqalar tasvirlanganidek, o'zgartirilgan filtrlash protokoli (FAP) yordamida qayta ishlangan.69 Qisqasi, protein 200 mkl siydikchil, bufer buferi (0,1 m tn 8.5), vorteksed va ikki baravar ko'paygan.Barcha sanktriflashning barcha bosqichlari 25 ° C da 14000 Xg da amalga oshirildi.Choy turgan oqsil lizatining birinchi yarmi ultrakel-10 membranasi (Merck) bilan jihozlangan 10 KDA mikrokon markaziy filtr qurilmasiga o'tkazildi, ular filtrda 25 minut.Keyin proteinning ikkinchi yarmini filtrga qo'shing va bir xil qadamlarni takrorlang.Proteinni tiklash 100 mm trds (2-Karboketyetyetil) fosetfer gidroxlorididagi fosetfer gidroxloridi (TCEP) ni qo'shib amalga oshirildi.Qayta tiklanish 37 ° C dan 30 minut davomida 30 minut davomida termomcherga aralashtirildi.Bundan tashqari, ustun bir santrifülted va keskin bog'liq bo'lgan oqsil 100 mm yodoaaaacetimidda 100 mm yodoaaaacetamid yordamida 100 mm yodoaaketamid yordamida alkindi.Alkiratsion reaktsiyasi qorong'u rangda 20 daqiqa davomida xona haroratida amalga oshirildi.Ustunni aylantiring, ustun devorlarini 100 mkl siydik puli bilan yuving, so'ngra Centrifture.Xuddi shu operatsiya 100 mm ammoniy bikarbonat 100 mm 100 mm dan 3 baravar ko'p amalga oshirildi.Tripsivizatsiya qilishdan oldin, yig'ish naychasini yangisi bilan almashtiring.Ammoniy bikarbonat va 1 mm ammoniy bikarbonat va tripsin tamponida suyultirilgan hazm qilish buferi qo'shing.Proteinga tranypsinning nisbati taxminan 1:33 da saqlanib qoldi va hazm qilish reaktsiyalari 37 ° C ga teng kunduzi namlik palatasida.Qarama-qarshi peptidni filtrdan santrifolatsiya 25 daqiqa davomida berildi.Peptidni tiklash filtrga 50 mk 0,5 m NACL qo'shib yaxshilandi, undan keyin santriflash 25 daqiqa davomida.
C18 Micro Spin ustunlari (Garvard apparati) Chuuchl va AL.70 tomonidan kichik o'zgartirishlar bilan tavsiflangan protokoldan keyin keskin bog'langan triptik peptidlar uchun ishlatilgan.Qisqacha, C18 Spin ustunlari uchta yuvinish (ACN) (ACN) (ACN) (ACN) va ikkita yuvish 0,1% larni yuvish bilan faollashtirilgan.Ustun 15 minutga 0,1% FA bilan namlangan edi.Nammunalarni aylantiring va 3 marta 0,1% fa bilan yuving.Uzoqdagi peptidlar 50%, 80% va 100% ACN 0,1% FA-dan foydalanib, asta-sekin asta-sekin taniqli edilar.Namunalar tezligi qoldiq suyuqlik to'liq g'oyib bo'lgunga qadar, namunalar va kontsentrator (EPPORF) da quritilgan.Taniqli peptidlar 0,08% 0,08% referetsoaketik kislotada 2,5% va konsentratsiyalar 2000 yilda (Termo ilmiy) tomonidan o'lchanadi.LC-MS / MS tizimiga taxminan 1 mkg kesilgan peptid infektsiyali.
Chop etilgan peptidlar "Ordlcnano" DASTRANO SIZNING ARBRITAP ILOVALARI ANDRORISS 480 massasi (Termo ilmiy) bilan bog'langan.Uchrashuvi bilan bog'liq peptidlar 300 mkm ID raqamida to'plangan, 5 mm pretr-ustun C18 p18 Pepmap100 Sorbent va 5 mkm pepmp sorbent (termo ilmiy) bilan to'ldirilgan.Nasos oqimini yuklash 5 mkl / 0.08% Trifluoroacetik kislotasi 2,5% ini 2,5% miqdorida eritilgan.Chop etilgan peptidlar analitik fikrial ustunga 75 mkm va 150 mm bo'lgan ichki diametrli, uzunligi 2 mmpmap sorbent (termo ilmiy) bilan to'ldirilgan.Mobil bosqich A va B-da 0,1% gacha va 0,1% FA aksiyasini mos ravishda 0,1% FA ni tashkil etdi.Gradientlik 2,5% b dan boshlanadi va 90 daqiqadan ko'proq vaqtgacha, keyin 90% chexalani 2 90% gacha oshiradi.Mobil fazaning kompozitsiyasi 10 daqiqa davomida 90% bda saqlanib, so'ngra 2,5% dan ortig'i 2,5% gacha pasaytirildi.Ustun keyingi tsikldan 8 minut oldin 8 daqiqa davomida 2,5% bda (2,5%) teng bo'lgan.Tahliliy ustundan olingan kesishgan peptidlar nanoelektroospray ionizatsiyasida (NSI) manbai (NSI) manbaiga (NSI) manbaiga kiritilgan va 480 mass-spektrometr (Termo ilmiy) in'ektsiya qilingan.
Orbitap Exploris 480 massasi 480 massomilli spektrometrda ijobiy korrelyatsiya rejimida ishlangan.Bo'lim rejimida to'liq tekshiruv M / Z 350 TV / Z 2000-dan M / Z 2000-dan M / Z 350 TV gacha bo'lgan tartibda to'liq tekshirildi.Normallashtirilgan AGC maqsadi 300% ni tashkil etdi, maksimal kirish muddati 50 mln.Peptidlar uchun monoisotopik cho'qqini aniqlash yo'lga qo'yilgan.Cheklovni yumshatish parametrlari, agar juda oz sonli kamchiliklar topilsa, haqiqiydir.Prekursorning minimal ion kuchlari 5.0e3 va prekursor to'lovi 78 tagacha eksperimentlarga kiritilgan.
Ma'lumot korrelyatsiyasidagi asosiy skanerlash rejimida tsikl vaqti 2,5 soniyaga o'rnatildi.Prekursor ionining birinchi parchalanishidan keyin dinamik ommaviy chetlatishlar 20 s ga belgilangan edi.Prekursor izolyatsiya oynasi 2-ga o'rnatildi.Belgilangan MS / MS skanerida belgilangan to'qnashuv energiyasi bilan normallashtirilgan to'qnashuv energiyasining turi tanlandi.To'qnashuv energiyasi 30% ga belgilangan.Orbitrap qopqog'i 15000 va AGC Maqsadini 100% ga belgilab oldi.Shaxsiy in'ektsion vaqt 60 millisekundga o'rnatiladi.
Kuzatilgan namunalardagi oqsil-protein tarmog'ini kuzatishdan oldin, biz namunalarda trepsidlar / proteinlarni aniqlash uchun Xom fayllarni (1.6.1.0 versiyasi) va 26,17 versiyasini qayta ko'rib chiqdik.Bundan tashqari, shunga o'xshash proteomik tahlillar tanqislanib qolgan yoki ifna bilan davolanmagan holda o'tkazildi.MS / MS ma'lumotlari "Uniprot" inson ma'lumotlar bazasida qidirildi (www.uniprot.org) (2020 yil 12-avgust, o'rnatilgan qidiruv tizimidan foydalanib, 75,093 ariza mavjud) Andromedara27.Qidiruv fermentning o'ziga xos xususiyatlarini va Deamidayatsiyaning turli xil o'zgarishi (N, Q) va oksidlanish (m) ko'rsatilmagan holda amalga oshirildi.Massimal massa toksiklari 20 dona soat 20 dona va mahsulot ionlari 0,02 da belgilandi.Boshlang'ich va maksimal massaviy og'ish 10 PPMga o'rnatildi.Peptidning maksimal massasi 4600 da belgilangan va o'xshashlik 7 dan 25 gacha aminokislotalar (AA) ga tenglashtirilgan.Keyingi statistika tahlili Perseus dasturidan foydalangan holda amalga oshirildi (1.6.10.45 versiyasi).Protein tarkibi oqsilning spektr intensivligini normallashtirish orqali hisoblangan (lfq intensivligi; noqulayroq miqdor) 27 va intensivlik qiymatlari log2 ga aylantirildi.Ularning peptid intensivligi bilan aniqlangan proteinlarning ierarxik klasteri (v1.0.12) paketdan foydalanish (v 4.1.2) to'plamdan foydalangan holda qurilgan.Tomirning boyitish tahlilini tahlil qilingan proteinlar uchun qayta qilingan proteinlar uchun reaktiv yo'l bilan ma'lumotlar bazasidan foydalangan holda ishlov berilmagan namunalarga qaraganda to'rt baravar ko'p bo'lgan reaktiv yo'l bazasi yordamida amalga oshirildi.
LC-MS / MS tomonidan kuzatilgan protein komplekslarining maxsus kimyoviy birikmasining aniqligini aniqlash (SIM-XL) o'zaro bog'liq peptidlar (SIM-XL) 29.Birinchidan, interferonittifoq bilan bog'liq (IFN) o'rtasidagi o'zaro munosabatlar, DNKning chidamliligi imzosi (IRD) genlari Padaraiya va Al.28 da tasvirlangan IRD proteinli ma'lumotlar to'plamidan foydalangan holda tekshirildi.Barcha sharoitlarni skriningi va butun insoniy UPROTning takrorlanishi hisob-kitob asosida intensiv, shuning uchun butun insonlar UPROT ma'lumotlar bazasi (www.uniprot.org) ifner usulda davolanishga qarshi 75,093 arizalar mavjud.Yuqori ishonch o'zaro ta'siri uchun filtrlardan biri.Olingan yuqori ahamiyatga molik o'zaro ta'sirlar kengaytirildi va barcha takrorlash va shartlarda sinovdan o'tkazildi.
Sim-XL, DSS Craslinker (XL) uchun ishlatilgan va XL og'irligi va o'zgarishi mos ravishda 138,06 va 156,07 ga belgilangan.Quyidagi kesishish reaktsiya joylari: KK, Ks va ks va qisman, reporter ionlarisiz.Ikkala ppm ham prekursor va parchani 20 taga o'rnatdi va XREA kuchlari 0,15 ga o'rnatildi.Tripsin to'liq aniq aniq deb hisoblangan va yuqori energiya bo'yicha C-tuzoq (HCD) parchalanish usuli amalga oshirildi.XKORK dinamik DBni kamaytirish darajasi va minimal peptidlarning minimal soni Db 2,5 va 2 ga mos ravishda o'rnatildi.Boshqa parametrlar: monoisotope ehtimolligi va cho'qqisidagi tasodif, to'shak uchun kamida 4 ta AA qoldiqlari va maksimal iplar zaryadlash va o'tkazib yuborilgan yoriqlar.Olingan 2D xaritalari (SIM-XL) va XQEEST28 va XQEEST28-ni 2D xaritalarini yaratish uchun ishlatilgan.Protein protein tuzilmalariga o'tish pimmolda (pumol molekulyar grafikasi tizimi, 2.0 srimasdiyer, MChJ).
Protein model tuzilmalari Fyre2 serveridan (http://www.sbg.bio.c.uk/phyre2) yordamida "Yashirin Markov" ni modellashtirish va amalga oshirish tamoyillari yordamida yaratilgan.Fyre2 ma'lum bir protein tuzilmalari bilan ketma-ketlikda joylashgan model tuzilmalarni ishlab chiqaradi.H2BFS, HLA-A, HMGA1, LRCH4 va MDN1 proteinlari, 1KJ349, 2ews55, 6hlu62 va 6I2665 uchun.Bundan tashqari, AlfaFold71 MX1, UBP18 va Robo1 tarkibi ham ko'rib chiqildi.Protein tuzilmasi BiovIa kashfiyot studiyasi paketi, Biovon, San-Diego, AQSh) yordamida vizualizatsiya qilindi